Le conseil scientifique propose au conseil d'administration les orientations de la politique scientifique de l'École.
Il évalue périodiquement les travaux réalisés dans les centres de recherche. Il peut être consulté sur toute question ayant trait au fonctionnement des centres de recherche et aux formations doctorales.
Le président est choisi par le MEDDE au nombre des personnalités qu'il a désignées.
Sigrid Adriaenssens
professeur à l'université de Princeton
Hervé Charrue
directeur R&D du Centre scientifique et technique du bâtiment (CSTB)
Pascale Delecluse
directeur adjoint de la recherche à Météo-France
Maria J. Esteban
directrice de recherche au Centre national de la recherche scientifique (CNRS) et à l’université Paris-Dauphine
Filip C. Filippou
professeur à l'université de Californie, Berkeley
Luc Hittinger
vice-président du Conseil scientifique de l'université Paris XII
Cyril Kao
directeur scientifique adjoint d'AgroParisTech
Vincent Kaufmann
professeur à l'École Polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL)
Corinne Larrue
professeur à l'université François-Rabelais, Tours
Sophie Le Bourva
directrice associée de l’agence ARUP
Philippe Martin
professeur à Sciences Po
Maria Nadia Postorino
professeur en transports à l'université « Mediterranea » de Reggio Calabria - Faculté d'ingénierie
Laurence Rouïl
responsable de l'unité « Modélisation et analyse économique pour la gestion des risques » à l'Institut national de l'environnement industriel et des risques (INERIS)
XianLing Li
scientific manager (EIG EURIDICE)
Bernard Tardieu
expert - président d'honneur de Coyne et Bellier - membre du Conseil exécutif de VELCAN
Monique Thonnat
directrice recherche, chef EPI PULSAR à l'Institut national de recherche en informatique et en automatique (INRIA)