Depuis le 1^er janvier 1994, l'École des Ponts ParisTech est un établissement public à caractère scientifique, culturel et professionnel (EPSCP), placé sous la tutelle du ministère de l'Écologie, de l'Énergie, du Développement durable et de la Mer . Elle possède la personnalité juridique propre à favoriser les initiatives adaptées au dynamisme de son développement.

L'École est administrée par un conseil d'administration, composé de 24 membres, dont 6 sont des représentants de l'Etat et 7 des personnalités compétentes dans les domaines de l'École des Ponts ParisTech.

Elle est dotée de deux conseils à caractère consultatif (conseil scientifique, conseil d'enseignement et de recherche).

L'Ecole est pourvue de deux filiales :

L'École des Ponts ParisTech est membre fondateur de deux PRES :

• ParisTech, Institut des sciences et technologies de Paris, a pour mission de contribuer au rayonnement européen et international de l'enseignement supérieur et en particulier, la formation d'ingénieur.
• Université Paris-Est intègre, dans un même ensemble interdisciplinaire, recherche et enseignement généraux, technologiques et professionnels. Son développement s'appuie sur une association privilégiée avec l'EPCS ParisTech dont il constitue le pôle Est francilien.