Le mastère spécialisé est un label accrédité par la Conférence des grandes écoles. Il donne une formation professionnelle complète de niveau supérieur à des ingénieurs et des étudiants déjà diplômés voulant se perfectionner dans un domaine. L'École des Ponts ParisTech propose 6 formations :

Action publique (MAP)
Aménagement et maîtrise d'ouvrage urbaine (AMUR)
Génie civil européen (GCE)
Ingénierie et gestion de l'environnement (IGE)
Conception et optimisation des supply chains globales
(anciennement "Management des Systèmes Logistiques")
Systèmes de transports ferroviaires et guidés
Génie civil des grands ouvrages pour l'énergie (ouverture en septembre 2010)

L' École des Ponts ParisTech propose une variété de formation au management international.
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