La recherche de l'Ecole des Ponts ParisTech est organisée en laboratoires. Ceux-ci sont évalués par l'Agence d'Evaluation de la Recherche et de l'Enseignement Supérieur (AERES). Nous visons une recherche d'excellence, permettant d'asseoir les enseignements dispensés à l'Ecole sur un corpus de recherche fort. Parallèlement, les recherches menées à l'Ecole visent aussi à être applicables ou appliquées, dans les domaines d'intérêt majeur de compétences pour nos élèves et d'activité pour notre Ministère de tutelle, le Ministère de l'Ecologie, du Développement Durable, des Transports et du Logement (MEDDTL).
Les laboratoires de l'Ecole des Ponts ParisTech forment aussi par la recherche de nombreux doctorants. Depuis 2007, l'École des Ponts ParisTech a transféré au PRES Université Paris-Est ses compétences concernant les écoles doctorales dont elle est partie prenante.
Par ailleurs, dans le cadre de l'École d'Économie de Paris, le programme doctoral ETAPE no465 au sein de l’École Doctorale d’Économie Panthéon-Sorbonne accorde une priorité à la maîtrise de la démarche et des outils économiques, et partant de là, forme des spécialistes dans un large spectre de champs relevant aussi bien de la macroéconomie que de la microéconomie.
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