Une loi de 1792 confia à la Marine la surveillance des phares, amers, tonnes et balises des côtes de France. En 1806, cette compétence fut transférée au ministère de l'Intérieur. Le corps des Ponts et Chaussées prit alors le contrôle de la signalisation maritime. Son action était pilotée par une Commission des phares, installée par le comte Molé, directeur général des Ponts et Chaussées, au printemps 1811.

Celle-ci tient aujourd'hui encore des réunions régulières. La Commission ne devint réellement active qu'après la chute de Napoléon, quand elle organisa des expériences scientifiques comparant l'efficacité de différents systèmes d'éclairage.

Sa légitimité repose sur la présence en son sein de représentants des pouvoirs scientifique, administratif et maritime qui s'exercent à Paris. En 1817, un personnage, sorte d'hybride de l'astronome, du marin et de l'ingénieur, apparaît : l'hydrographe, celui qui lève et dessine les cartes marines.

Le document le plus important produit de la commission des phares est un "Rapport contenant l'exposition du système adopté par la commission

des phares pour éclairer les côtes de France", rendu public en 1825.