Les stages proposés dans le cadre de la formation d’ingénieurs et des mastères spécialisés sont tous intégrés dans un cursus de formation.

L’École autorise les élèves du cursus ingénieur à suivre des stages supplémentaires s’ils sont justifiés par leurs besoins de formation.Tous ces stages sont couverts par une convention de stage tripartite entre l'organisme d'accueil, l'élève stagiaire et l'établissement de formation. Cette convention définit les rapports entre les parties et engage la responsabilité des signataires.
A l’École des Ponts, cette convention est établie par le service SOP pour les stages de 1ère et 2è année de la formation d’ingénieur, par les départements de formation pour les projets de fin d’études et par les mastères et masters pour les stages correspondant.

Tout stage d'une durée supérieure à deux mois donne lieu au versement d’une gratification au stagiaire. Celle-ci est fixée à 12,5%  du plafond horaire de la sécurité sociale pour les stages accueillis dans la fonction publique. Il s’agit d’un montant minimum pour les entreprises privées et les EPIC (établissements publics à caractère industriel et commercial).